En Franche-Comté, l'Ognon, l'Allan, la Semouse, la Savoureuse et la Lizaine font l'objet d'arrêtés d'interdiction ou de recommandation pour toutes les espèces de poissons, d'après les informations de l'association Robin des Bois dans son atlas des sites pollués d'avril 2013. Dans les eaux du Doubs, il est uniquement déconseillé de consommer les poissons de fond (benthiques) . En cause les polychlorobiphényles dits pyralènes ou PCB et leurs effets nocifs sur la santé. L'association publie chaque année une carte des rivières polluées au PCB. Dans le bassin Rhône Méditerranée Corse qui concerne 14 millions d'habitants et 11.000 cours d'eau de plus de 2 km, elle relève en Franche-Comté les interdictions ou recommandations déjà mentionnées et fait état de nouveaux sites terrestres pollués à Mandeure dans le Doubs, Les Hays dans le Jura, Belfort, Bessoncourt, Froidefontaine et Romagny-sous-Rougemont dans le Territoire-de-Belfort. Le total de 133 sites pollués dans le bassin est en augmentation depuis 2011. Selon l'association : « L’imprégnation de l’environnement par un produit qui n’est plus fabriqué en France depuis 25 ans s’aggrave. La dynamique des PCB est circulaire…Les PCB traînent dans les sols. Ils prennent l’air ainsi que l’eau comme moyens de transport…Les plans d’élimination des PCB se succèdent et se concentrent sur les transformateurs, les condensateurs électriques et les radiateurs à bain d’huile. C’est omettre que la moitié des PCB produits dans le monde a été utilisée dans des applications innombrables et dispersives : linoléum, encaustiques, résines, peintures, matériaux de construction, lubrifiants, asphaltes, plastiques, pesticides, textiles, caoutchoucs, adhésifs, éclairages. Ignifuges, antirouilles, stabilisants, liants et plastifiants, les PCB entre 1930 et 1980 servaient à tout et partout. Ils ont accompagné et sécurisé l’industrie et l’habitat sur tous les continents. En ce sens, les PCB sont les cousins de l’amiante. En conséquence les sites pollués terrestres ne sont pas les seuls émetteurs. Doivent aussi être pris en compte les rejets des stations d’épuration, l’épandage des boues de stations d’épuration, l’immersion des boues de dragage, la combustion des bois traités, les activités d’élimination des Véhicules Hors d'Usage et des Déchets d'Equipements Electriques et Electroniques, la démolition des bâtiments, les rejets des incinérateurs et des crématoriums, des papeteries, des cimenteries, des procédés thermiques de l’industrie métallurgique et des sites de régénération d'huiles noires. »
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