Dans un long avis rendu après la désignation par décret de Dijon comme « capitale provisoire » de la grande région Bourgogne-Franche-Comté qui doit voir le jour le 1er janvier 2016, le Conseil économique social et environnemental propose, « à titre d'exemple », de situer huit directions à Besançon : l'Agence régionale de santé (ARS), la Direction régionale de l'environnement, de l'aménégament et du logement (DREAL), la Direction régionale de l'agriculture, de l'alimentation et de la forêt (DRAAF), l'Office national des forêts (ONF), l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (ADEME), la Direction régionale des affaires culturelles (DRAC), la Direction régionale des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi (DIRECCTE), la Direction ragionale de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale (DRJSCS), ainisi que le rectorat pour « compenser la perte du chef-lieu ».
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