Les Franc-Comtois font moins d'enfants que dans les années 1970 et au début des années 1980. C'est notamment ce qu'on peut lire dans les Chiffres clé de la jeunesse en Franche-Comté, étude réalisée par la Direction régionale de la Jeunesse des sports et de la cohésion sociale. Pour 100 naissances en 1974, on en enregistrait en 1980-1982, années correspondant à un pic 112 dans le Territoire de Belfort, 111 à 108 en Haute-Saône, 105 à 104 dans le Jura et 104 à 102 dans le Doubs. Depuis ce tournant des années 1980, les naissances ont chuté, quasiment sans cesse, jusqu'en 1994 : 89 dans le Territoire de Belfort, 87 dans le Jura, 75 en Haute-Saône, 77 dans le Doubs (1993). Elles ont ensuite remonté lentement pour se situer en 2009 entre 87 (Haute-Saône et Doubs), 89 (Jura) et 96 (Territoire de Belfort).
Cela n'empêchera pas les moins de 20 ans, qui représentaient 25,1% des Franc-Comtois en 2007, de n'être plus selon les projections de l'INSEE, que 22,6% en 2040. Dans le même temps les 20-64 passeraient de 58,2% à 50,7%, tandis que les plus de 65 ans passeraient de 16,7% à 26,6%.
La répartition géographique est très variable selon les âges. Les moins de 25 ans sont 36% à Besançon, 28,5% à Lons-le-Saunier, 30,6% en France. L'inégalité par rapport au retard scolaire est également géographique : les élèves ayant au moins un an de retard à l'entrée en sixième sont 12,9% dans le bassin d'éducation de Besançon, 14,5% dans celui de Pontarlier, 15,1% dans l'Aire urbaine, 16,2% à Lure-Luxeuil, 16,4% dans le Jura-Sud, 17% dans le Jura-Nord, 17,7% dans le bassin Vesoul-Gray.
Contrairement à une idée reçue, le taux d'emploi augmente avec le niveau de formation : 77% des jeunes avec un diplôme de niveau 3 ou plus avaient un emploi en 2012, contre 69% pour les diplômés de niveau 4, 53% pour ceux de niveau 5, 28% de niveau 5 bis (abandon en cours de CAP ou BEP avant la dernière année).
La jeunesse est davantage victime des accidents de la route : alors qu'ils sont 12% de Franc-Comtois, les 15-24 ans représentent 26% des tués. Le taux de suicide des jeunes hommes de la région est passé de 21 pour 100.000 en 2001 à 28 pour 100.000 en 2009 alors que la courbe s'inversait au niveau national.
