Jean-François Humbert, hospitalisé à la suite d'un malaise, n'a donné aucune consigne de vote pour le second tour de l'élection municipale de Besançon, mais il fallait s'y attendre, plusieurs de ses colistiers ont apporté leur soutien personnel à Jean-Louis Fousseret. Il s'agit notamment de la numéro 2 de la liste, Nathalie Wolf, de Laurent Decol, et de Michel Josse, un ancien du Modem. D'autres ont annoncé voter pour Jacques Grosperrin, comme Christophe Bissieux.
Lazhar Hakkar, ancien adjoint qui avait conduit sa propre liste, a apporté dès le premier tour son soutien au maire sortant et a même participé à un événement de sa campagne de second tour.
Ismaël Boudjekada a annoncé voter Jacques Grosperrin.
Les trois composantes de la liste du Front de gauche (diminuée du PCF avec le PS et EELV dès le premier tour) n'ont pas la même position : les Alternatifs, qui étaient dans la majorité sortante, et la Gauche anticapitaliste regrettent que Fousseret ait « négligé une convergence électorale de [leurs] forces et la dynamique sucptible d'entraîner [leurs] électorats respectifs, » et appellent à ce qu' « aucune voix ne se porte sur la droite et encore moins sur l'extrême droite ». De son côté le Parti de Gauche est très critique sur Jean-Louis Fousseret avec qui, écrit Emmanuel Girod sur son blog, « aucune alliance ne peut se faire si l’on ne s’aplatit pas devant lui », et ne donne pas de consigne de vote.
La liste Générations citoyennes pilotée par Frank Monneur et Didier Gendraud ne donne pas non plus de consigne, comme les deux listes trotskistes de LO et du POI.
