Directeur général des services du Conseil régional de Franche-Comté depuis 2008, Gilles Da Costa redevient DGS du Doubs, poste qu'il avait occupé sous plusieurs présidents, de Georges Gruillot (RPR) et Claude Girard (RPR) à Claude Jeannerot (PS). Entre temps, il a aussi dirigé l'Institut national des études territoriales de Strasbourg qu'on présente souvent comme l'ENA de la fonction publique territoriale.
A 56 ans, Gilles Da Costa remplace Gildas Barruol, recruté par Claude Jeannerot, dont Christine Bouquin, élue présidente du conseil départemental du Doubs en avril 2015, a souhaité se séparer. Gilles Da Costa aura été un éphémère directeur général adjoint du nouveau Conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté, du 1er au 4 janvier très exactement. Il préside par ailleurs le comité régional de cyclisme de Franche-Comté.
