La liste PS-EELV-PCF conduite par le maire sortant Jean-Louis Fousseret a remporté le second tour avec 47,39% des voix et 1129 suffrages de plus que la liste UMP-UDI-Modem de Jacques Grosperrin qui réalise 44,41%. La liste FN de Philippe Mougin perd 1157 voix par rapport au premier tour et passe de 11,76% à 8,20%. Plus de 2000 électeurs supplémentaires se sont déplacés, soit près de 5% de plus qu'au premier tour, mais la participation plafonne à 57,18%.
Montbéliard, Belfort, Valentigney, Saint-Claude sont passées à droite où Marie-Noëlle Biguinet (UMP), Damien Meslot (UMP), Philippe Guauthier (DVD), Jean-Louis Millet (ex MPF) ont été élus. La droite conserve Gray, la gauche Héricourt, Sochaux, Voujaucourt ou Saint-Loup-sur-Semouse...
En passant de 12191 voix à 17943, Jean-Louis Fousseret améliore sensiblement son score du premier tour (33,63%), mais ne fait pas le plein des voix de gauche et d'extrême-gauche qui représentait 18799 suffrages et 51,86% au premier tour. Le seul bureau de vote où la participation a baissé (10 électeurs de moins) est Arênes où la gauche avait totalisé 72,29% dont 15,89% pour le Front de gauche. Fousseret y atteint quand même 69,90%... L'autre bureau de Battant, Champrond, où le Front de gauche avait son meilleur score (23,96%) a eu 8 électeurs de plus et donné 70,92% à Fousseret qui aurait pu en espérer 75,60... Dans ce quartier populaire de centre-ville, le FN perd quasiment la moitié de ses voix d'un tour à l'autre, tandis que Jacques Grosperrin les double presque. Jean-Louis Fousseret dépasse 50% à Planoise, mais ne dépasse 60% que dans un seul bureau, et de très peu, alors que la gauche y obtient souvent des scores voisins de 70%. Il faut dire que son électorat s'est nettement abstenu : 60% d'abstention ou davantage dans cinq bureaux... Le maire réélu passe aussi les 50% dans tous les bureaux de la Boucle, mais plus rarement dans les autres quartiers populaires résidentiels où il est parfois devancé par la droite, comme à la MJC de Palente...
Jacques Grosperrin passe quant à lui de 11470 voix à 16814. L'écart qui était de 2% avec la liste Fousseret au premier tour, est passé à 3%. Le candidat UMP obtient la majorité absolue dans quinze des 66 bureaux de vote, et devance la gauche dans trente bureaux. Il était derrière le FN dans quatre bureaux de Planoise au premier tour, il passe devant au second, bien que la liste d'extrême droite ait amélioré son résultat dans l'un d'eux, Bourgogne. La liste Grosperrin obtient de bons résultats dans de nombreux bureaux traditionnellement à droite où la participation a sensiblement crû entre les deux tours, comme aux Chaprais, à l'Helvétie, Saint-Claude, Montjoux, Saint-Ferjeux ou Velotte. Ces bureaux, hormis Fontaine-Argent et l'Helvétie avaient donné une majorité à François Hollande lors de la présidentielle de 2012.
